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La predicción de la eficacia de las vacunas contra cepas de patógenos emergentes es un problema importante en el diseño de vacunas para humanos y animales. La conservación cruzada de epítopos de células T puede desempeñar un papel importante en la eficacia de la protección cruzada de las vacunas. Si bien los títulos de anticuerpos inhibidores de la hemaglutinación (HI) del virus de la influenza A (IAV) se utilizan ampliamente para predecir la eficacia protectora de una vacuna IAV frente a nuevas cepas, no se ha identificado una correlación de protección similar para epítopos de células T. En este estudio se desarrolló un método computacional (EpiCC) que facilita la comparación por pares de secuencias de proteínas en función de una propiedad inmunológica —contenido de epítopos de células T— en lugar de la identidad de secuencia. También se evaluó su capacidad para clasificar el parentesco de cepas de IAV porcina para estimar el potencial de protección cruzada de una cepa vacunal para virus circulantes. Se analizaron las puntuaciones de parentesco de epítopos de células T para 23 secuencias hemaglutinina (HA) de IAV, que representan los principales filo-grupos H1 IAV porcina que circulan en América del Norte, y secuencias HA en una vacuna inactivada comercial (FluSure XP®). Las puntuaciones se compararon con datos experimentales de estudios de eficacia anteriores.
Las puntuaciones más altas de EpiCC se asociaron con una mayor protección de la vacuna frente a cepas para 23 comparaciones de cepas vacunales IAV de campo. Se identificó un umbral para clasificar el parentesco con EpiCC asociado con la protección total o parcial en ausencia de anticuerpos HI de reactividad cruzada. También se calcularon las puntuaciones de EpiCC para cepas de campo contra las que FluSure todavía no protege.
Los umbrales de EpiCC pueden evaluarse para determinar la exactitud de predicción de la protección en futuros estudios de eficacia. EpiCC también puede complementar la filogenia y la reactividad cruzada de HI para la selección de cepas de influenza en el desarrollo de vacunas.
Gutiérrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, et al. T-cell epitope content comparison (EpiCC) of swine H1 influenza A virus hemagglutinin. Influenza Other Respi Viruses. 2017; 11: 531-542. https://doi.org/10.1111/irv.12513